Dentro do CNAE há duas subdivisões, a CNAE Fiscal e a Domiciliar. A Fiscal é um detalhamento das classes da CNAE, destinada especialmente para o uso da administração pública, como no caso dos CNPJs, onde as pessoas podem ter várias atividades econômicas secundárias dentro de uma só atividade principal.

O CNAE-Domiciliar foi criada para facilitar o seus dados no caso, por exemplo, do censo demográfico, facilitando pesquisas domiciliares e ajudando a mapear as muitas atividades autônomas da população.